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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
28/11/2014 |
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Data da última atualização: |
05/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
O'BRIEN, A. M. P.; MÉSZÁROS, G.; UTSUNOMIYA, Y. T.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F.; TASSEL, C. P. V.; CARVALHEIRO, R.; SILVA, M. V. G. B.; SÖLKNER, J. |
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Afiliação: |
ANA M. PÉREZ O'BRIEN, University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna; GÁBOR MÉSZÁROS, University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna; YURI T. UTSUNOMIYA, UNESP; TAD S. SONSTEGARD, ARS-USDA, USA; JOSÉ F. GARCIA, UNESP; CURTIS P. VAN TASSEL, ARS-USDA, USA; ROBERTO CARVALHEIRO, GenSys Consultores Associados; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; JOHANN SÖLKNER, University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna. |
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Título: |
Linkage disequilibrium levels in Bos indicus and Bos taurus cattle using medium and high density SNP chip data and different minor allele frequency distributions. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Livestock Science, v. 166, p. 121-132, 2014. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Linkage disequilibrium (LD), the observed correlation between alleles at different loci in the genome, is a determinant parameter in many applications of molecular genetics. With the wider use of genomic technologies in animal breeding and animal genetics, it is worthwhile revising and improving the current knowledge and understanding of cattle LD. This study analyzes levels of LD assessed through the r2 measurement in seven breeds of cattle from both indicine (Bos indicus) and taurine (Bos taurus) (sub)species, genotyped with a high density panel (HD) of over 777,000 single nucleotide polymorphism (SNP) markers. Average levels of LD were assessed for inter-marker distances from 0 kb up to 10 Mb. Two more SNP panels were built in silico from the original genotypes to represent a lower density SNP chip including approximately 50,000 SNPs (50K) and a panel of 249,000 SNPs chosen to comply with specific minor allele frequency (MAF) distributions. The results show higher levels of LD than previously reported, especially at short inter-marker distances of less than 20 kb, assessed through the use of the higher density panel. Negligible impact of MAF changes in the estimation of r2 was observed, supporting the use of the HD panel for LD-based methodologies even when ascertainment bias in the choice of SNPs is suspected. The 50K SNP panel indicated lower levels of LD in the first 100 kb and highly unreliable LD estimates for distances shorter than 50 kb. Overall, lower levels of LD were observed for all indicine breeds as compared to taurine breeds, with larger differences assessed in the first 100 kb, suggesting the need for use of higher SNP densities in this (sub)species when applying LD-dependent methods, as compared to most taurine breeds. MenosLinkage disequilibrium (LD), the observed correlation between alleles at different loci in the genome, is a determinant parameter in many applications of molecular genetics. With the wider use of genomic technologies in animal breeding and animal genetics, it is worthwhile revising and improving the current knowledge and understanding of cattle LD. This study analyzes levels of LD assessed through the r2 measurement in seven breeds of cattle from both indicine (Bos indicus) and taurine (Bos taurus) (sub)species, genotyped with a high density panel (HD) of over 777,000 single nucleotide polymorphism (SNP) markers. Average levels of LD were assessed for inter-marker distances from 0 kb up to 10 Mb. Two more SNP panels were built in silico from the original genotypes to represent a lower density SNP chip including approximately 50,000 SNPs (50K) and a panel of 249,000 SNPs chosen to comply with specific minor allele frequency (MAF) distributions. The results show higher levels of LD than previously reported, especially at short inter-marker distances of less than 20 kb, assessed through the use of the higher density panel. Negligible impact of MAF changes in the estimation of r2 was observed, supporting the use of the HD panel for LD-based methodologies even when ascertainment bias in the choice of SNPs is suspected. The 50K SNP panel indicated lower levels of LD in the first 100 kb and highly unreliable LD estimates for distances shorter than 50 kb. Overall, lower levels of LD... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Indicine; Minor allele frequency. |
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Thesaurus Nal: |
cattle; linkage disequilibrium; taurine. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 2. | | CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL. F. S.; URBINATI, I.; CARVALHEIRO, R.; REGITANO, L. C. de A.; MARCONDES, C. R.; MINARI, D. P. Accuracy of genotype imputation in Canchim cattle using FImpute and Beagle software., In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Abstract... Guarujá:[ s.n.], 2013. AB.20.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 3. | | GARCIA, J. F.; CARMO, A. S. DO; UTSUNOMIYA, Y. T.; NEVES, H. H. DE R.; CARVALHEIRO, R.; TASSELL, C. V.; SONSTEGARD, T. S.; SILVA, M. V. G. B. How bioinformatics enables livestock applied sciences in the genomic era. In: BRAZILIAN SYMPOSIUM ON BIOINFORMATICS, 2012, Heidelberg. Proceedings... Porto Alegre: Sociedade Brasileira e Computação, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 4. | | BOISON, S. A.; NEVES, H. H. R.; O'BRIEN, A. M. P.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARVALHEIRO, R.; SILVA, M. V. G. B.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F. Imputation of non-genotyped individuals using genotyped progeny in Nellore, a Bos indicus cattle breed. Livestock Science, v. 166, p. 176-189, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 5. | | O'BRIEN, A. M. P.; MÉSZÁROS, G.; UTSUNOMIYA, Y. T.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F.; TASSEL, C. P. V.; CARVALHEIRO, R.; SILVA, M. V. G. B.; SÖLKNER, J. Linkage disequilibrium levels in Bos indicus and Bos taurus cattle using medium and high density SNP chip data and different minor allele frequency distributions. Livestock Science, v. 166, p. 121-132, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 6. | | BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; NEVES, H. H. R.; MÉSZÁROS, G.; CARVALHEIRO, R.; GARCIA, J. F.; SILVA, M. V. G. B.; SÖLKNER, J. Accuracy of genomic predictions for dairy traits in Gyr cattle (Bos indicus) Warsaw: EAAP, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 7. | | SANTOS, N. P. da S.; SARMENTO, J. L. R.; CARVALHEIRO, R.; CAMPELO, J. E. G.; SOUSA, W. H. de; FIGUEIREDO FILHO, L. A. S.; REGO NETO, A. de A.; BIAGIOTTI, D. Contribuição genética ótima aplicada à seleção de ovinos Santa Inês. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 51, n. 6, p. 745-750, jun. 2016. Título em inglês: Optimum genetic contribution applied to the selection of Santa Ines sheep.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Pecuária Sul. |
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| 10. | | CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CARVALHEIRO, R.; BUZANSKAS, M. E.; ROSA, J. O.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; MARCONDES, C. R.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. Strategies for genotype imputation in composite beef cattle BMC Genetics, v. 16, p. 99, 2015. 10 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 13. | | BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; NEVES, H. H. R.; CARVALHEIRO, R.; MÉSZÁROS, G.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J.; SILVA, M. V. G. B. Accuracy of genomic predictions in Gyr (Bos indicus) dairy cattle. Journal of Dairy Science, v. 100, n. 7, p. 5479-5490, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 15. | | O'BRIEN, A. M. P.; HÖLLER, D.; BOISON, S. A.; MILANESI, M.; BOMBA, L.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSEL, C. P.; SOSTENGARD, T. S.; MÉSZÁROS, G.; AJMONE-MARSAN, P.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J. Low levels of taurine introgression in the current Brazilian Nelore and Gir indicine cattle populations. Genetics Selection Evolution, v. 47, article 31, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 16. | | UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; MATOS, M. C.; ZAVAREZ, L. B.; O'BRIEN, A. M. P.; SÖLKNER, J.; McEWAN, J. C.; COLE, J. B.; TASSEL, C. P. V.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B.; PORTO NETO, L. R.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Genome-wide association study for birth weight in Nellore cattle points to previously described orthologous genes affecting human and bovine height. BMC Genetics, London, v. 14, article 52, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 17. | | UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S.; NEVES, H. H. R.; CARVALHEIRO, R.; MATOS, M. C.; ZAVAREZ, L. B.; ITO, P. K. R. K.; O'BRIEN, A. M. P.; SOLKNER, J.; PORTO-NETO, L. R.; SCHENKEL, F. S.; McEWAN, J.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSELL, C. P.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F. Genome-wide mapping of loci explaining variance in scrotal circumference in Nellore Cattle. Plos One v. 9, n. 2, p. 1-9, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 19. | | CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CARVALHEIRO, R.; BUZANSKAS, M. E.; ROSA, J. O.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; MOKRY, F. B.; MARCONDES, C. R.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. Strategies for genotype imputation in composite beef cattle. BMC Genomics, v. 16, n. 99, 2015. 10 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 20. | | SÖLKNER, J.; PEREZ O'BRIEN, A. M.; HÖLLER, D.; BOISON, S. A.; MILANESI, M.; BOMBA, L.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; SILVA, M. V. G. B.; VAN TASSEL, C. P.; SOSTENGARD, T. S.; MÉSZÁROS, G.; AJMONE-MARSAN, P.; GARCIA, J. F. Zebuines kerngenom und taurine Mitochondrien: admixtur von Nelore, der größten brasilianischen rinderrasse. Nova Acta Leopoldina, NF 119, n. 404, p. 69-75, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
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